Fernanda Torres é casada com o cineasta e produtor Andrucha Waddington há mais de 20 anos. No entanto, em 2010, conforme informações divulgadas por jornais e sites da época, seu esposo, Waddington, chegou a ser visto com uma mulher em um camarote na Marquês de Sapucaí, no Rio de Janeiro, durante o Desfile das Campeãs.
Diante das informações divulgadas pelos portais, Andrucha teria sido fotografado aos beijos com Gabriela Figueiredo, sócia da produtora Samba Filmes, há 15 anos. Logo depois do ocorrido, a assessoria do produtor chegou a se manifestar e disse que ele e a filha de Fernanda Montenegro já estariam divorciados desde novembro do ano anterior (2009). Ainda complementou que ambos são amigos e, portanto, não houve traição. Fernanda e Andrucha são pais de Joaquim Waddington (24 anos), e de Antonio Waddington (16 anos).
Em 2009, segundo as notícias, o casal teria passado por um momento conturbado. Elas também chegaram a relatar que a atriz Fernanda, cujo seguiu à risca uma dieta de treinos intensos para o filme "Ainda Estou Aqui", e seu esposo já tinham passado por algumas crises no casamento. Inclusive, a situação teria acontecido quando o cineasta rodava um filme na Espanha. Ele chegou até mesmo a voltar rapidamente ao Brasil, mas a separação teria sido a melhor opção. Assim, Andrucha teria até saído de casa e morado num apart-hotel no Leme, durante um período.
Antes de se casar com Andrucha, Fernanda Torres também já teve um outro relacionamento. Desta vez, com o apresentador e jornalista Pedro Bial. Ambos se relacionaram em 1982. A artista, na época, tinha apenas 17 anos de idade, quando se casou com Bial, sete anos mais velho que ela. Logo, três anos depois, em 1985, a relação do casal chegou ao fim. Mas os dois mantém uma boa relação até hoje, e a própria atriz já chegou a marcar presença nos programas do ex-esposo.
Durante uma entrevista ao "Conversa com Bial" em 2017, Torres relembrou sobre o casamento, e falou sobre seu lançamento, na época: "Nós casamos, né? Só tenho boas memórias e devo ao Pedro o primeiro capítulo deste livro. Eu teria me transformado numa atriz séria, se não fosse Pedro Bial", comentou.